Neben formellen Kooperationsverträgen mit den Universitäten in Cottbus und Potsdam bestehen schriftliche Vereinbarungen mit der Humboldt-Universität und der Freien Universität Berlin sowie international mit der Universität Guadalajara (Mexico), dem „European Institute for Regional and Local Development“ der Universität Warschau, der Universität Poznan (Polen) sowie dem „Collegium Polonicum“ (Slubice). Mit zahlreichen europäischen Partnerinstitutionen arbeitet das IRS in Konsortien zusammen, die aus dem EU-Rahmenprogramm gefördert werden.
Neben den Kooperationen mit Universitäten im In- und Ausland wurden formelle Kooperationen mit folgenden außeruniversitären Forschungseinrichtungen eingegangen: mit dem Netzwerk der vier raumwissenschaftlichen Einrichtungen (4R) sowie ergänzend mit dem Umweltforschungszentrum Leipzig-Halle.