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Das Institut wurde nach der Wende 1992 als „Institut für
Regionalentwicklung und Strukturplanung“ (IRS) neu gegründet
und ist seitdem Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft (WGL). Es ist im Wesentlichen,
allerdings mit stark veränderter Aufgabenstellung, aus dem „Institut
für Städtebau und Architektur“ (ISA) der Bauakademie der
DDR hervorgegangen. Es wurde 1991 und 1999 durch den Wissenschaftsrat
und zuletzt 2003 durch eine Gutachterkommission der Leibniz-Gemeinschaft
mit guten Ergebnissen evaluiert.
1995 erfolgte der Umzug des vormals Berliner Instituts an den heutigen Standort in Erkner im Land Brandenburg. Zu diesem Zeitpunkt hat das Land Berlin seine Mitfinanzierung eingestellt.